変形労働時間制の残業時間の上限とは？残業代や割増賃金の計算方法も解説！

変形労働時間制は、1カ月単位や1年単位で労働時間を柔軟に調整できるため、残業時間や残業代を削減することができます。ただし、残業時間には明確な上限が定められています。正しく仕組みを理解せず運用すると、労働基準法に違反してしまう恐れがあります。本記事では、変形労働時間制における残業の考え方や計算方法についてわかりやすく解説します。

1. 変形労働時間制における残業のルール

ここでは、変形労働時間制とは何か説明したうえで、変形労働時間制でも残業時間や残業代が発生するのかどうかをわかりやすく解説します。

1-1. 変形労働時間制とは？

変形労働時間制とは、勤務時間を一定の期間内で自由に調整できる労働制度を指します。変形労働時間制を採用する場合、週や月ごとの所定労働時間を満たしていて、平均勤務時間が法定労働時間内であれば、1日の勤務時間は8時間を超えても問題ありません。繁忙期と閑散期に分けて労働時間を設定できる変形労働時間制は、残業時間の削減に大きく貢献する制度です。ただし、変形労働時間制を導入する場合、残業代の計算方法などにポイントがあるので気を付けましょう。

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1-2. 所定労働時間と法定労働時間の違い

変形労働時間制での残業を考えるには、まず所定労働時間と法定労働時間の違いを理解しておく必要があります。法定労働時間とは、労働基準法第32条により、1日8時間以内、週40時間以内と定められている労働時間のことです。一方、所定労働時間とは、企業ごとに定めている労働時間です。通常は法定労働時間内で定められていますが、変形労働時間制では法定労働時間を超えた労働時間も設定することができます。

（労働時間）
第三十二条　使用者は、労働者に、休憩時間を除き一週間について四十時間を超えて、労働させてはならない。
②　使用者は、一週間の各日については、労働者に、休憩時間を除き一日について八時間を超えて、労働させてはならない。

引用：労働基準法第32条｜e-Gov

1-3. 法定内残業と法定外残業の違い

法定内残業とは、所定労働時間を超えるが、法定労働時間を超えない残業のことです。一方、法定外残業（いわゆる時間外労働）とは、法定労働時間を超える残業のことです。法定内残業と法定外残業のどちらも残業代は発生します。しかし、法定外残業が生じる場合、通常の賃金に加えて、割増賃金もあわせて支払わなければなりません。

なお、変形労働時間制における法定外残業の時間は、基本的に所定労働時間と法定労働時間のうち、長いほうを超えた数値です。たとえば、繁忙期の所定労働時間を9時間にしていた場合、実際の労働時間が10時間になったら1時間分の法定外残業代が発生します。反対に閑散期の所定労働時間を7時間に定めていて、実際の労働時間が8時間になったとしても、法定労働時間内であるため法定外残業代は発生しません。ただし、法定内残業代は発生するので注意が必要です。

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1-4. 変形労働時間制でも規定の労働時間を超えれば残業代は発生する

1日8時間という法定労働時間を超えた所定労働時間を設定できる変形労働時間制ですが、残業が一切発生しなくなるわけではありません。変形労働時間制を採用する場合、1週間、1カ月、1年単位で設定することができます。ただし、それぞれの場合で残業時間の計算方法や、制度の導入要件は異なります。故意ではなかったとしても、正しく残業時間や残業代を計算していない場合、労働基準法違反となってしまうため注意が必要です。

1-5. 変形労働時間制における残業代の割増率

変形労働時間制での時間外労働賃金（残業代）の計算方法は、通常の労働契約と同じです。休日労働や深夜残業も変わりません。割増賃金率は次の表の通りです。

法定外残業	0%
法定外残業	25%以上の割増率
休日労働	35%以上の割増率
深夜労働	25%以上の割増率
深夜残業	50%以上の割増率
深夜時間帯の休日労働	60%以上の割増率
1カ月で60時間を超えた時間外労働	50%以上の割増率
1カ月で60時間を超えた時間外労働の深夜労働分	75%以上の割増率

時間外労働（法定外残業）には1.25倍以上、休日労働には1.35倍以上、深夜残業には1.5倍以上の割増賃金が必要です。なお、法定内残業の場合は割増率を適用しなくても問題ありません。

関連記事：割増賃金とは？計算方法や残業60時間超の割増率をわかりやすく解説

2. 1カ月単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法

変形労働時間制には、1カ月単位や1年単位のように種類があります。1カ月単位の変形労働時間制とは、1カ月以内の労働時間を一定の範囲で自由に設定できる制度です（労働基準法第32条の2）。なお、1カ月の変形労働時間制とはいえ、対象期間は企業ごとに2週間などにも設定できるため、必ずしも1カ月である必要はありません。ここでは、1カ月単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法について詳しく紹介します。

2-1. 1日の残業時間

1カ月単位の変形労働時間制を導入する場合、まず1日でみて、次のいずれかを超えた時間が残業時間（法定外残業時間）となります。

• 所定労働時間を8時間超えと定めた日の場合、その所定労働時間を超える時間
• それ以外の日の場合、法定労働時間である1日8時間を超える時間

たとえば、1日10時間と所定労働時間を設定している日の場合、1日11時間、12時間とその時間を超えた場合に残業代が発生します。また、その日の労働時間が9時間であったとしても、残業代は発生しません。一方、1日6時間と所定労働時間を設定している日の場合、1日8時間を超えた時間から残業代が生じます。なお、1日7時間、8時間と法定労働時間内に収まっている場合でも、法定内残業代の支給は必要なので注意しましょう。

2-2. 1週間の残業時間

次に1週間でみて、次のいずれかを超えた時間が残業時間（法定外残業時間）になります。なお、1日でみて残業と判断された時間を除いて計算をする点に注意が必要です。

• 所定労働時間を40時間超えと定めた週の場合、その所定労働時間を超える時間
• それ以外の週の場合、法定労働時間である週40時間を超える時間

たとえば、週45時間と所定労働時間を設定していて、その週に50時間労働した場合、5時間分の残業代が発生します。一方、週35時間と所定労働時間を設定していて、その週に42時間労働した場合、5時間分の法定内残業代と2時間分の法定外残業代が生じます。なお、1日でみた所定労働時間は守られているとして計算しています。

2-3. 変形期間の残業時間

1カ月単位の変形労働時間制を導入する場合、あらかじめ変形期間（対象期間）の法定労働時間の総枠を計算しておく必要があります。変形期間の法定労働時間における総枠は、次の計算式で算出することが可能です。

たとえば、暦日数28日の月において、1カ月単位の変形労働時間制を採用する場合、変形期間の法定労働時間における総枠は160時間と計算されます。この時間を超えた場合、残業代が発生することになります。ただし、1日や1週間でみて、残業と判断された時間を除外して計算する点に注意が必要です。

関連記事：1ヶ月単位の変形労働時間制とは？残業の考え方や届出の流れをわかりやすく解説！

3. 1年単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法

変形労働時間制は、1カ月単位だけでなく、1年単位でも設定することができます（労働基準法第32条の4）。1年単位の変形労働時間制の残業の考え方は、1カ月単位の変形労働時間制の場合とほとんど同じです。ここでは、1年単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法について詳しく紹介します。

3-1. 1日・1週間・変形期間の残業時間

まず1日、1週間でみて残業時間を計算します。その後、変形期間の残業時間を算出します。たとえば、1年（暦日数365日）の場合、変形期間の法定労働時間における総枠は2085.7時間となります。なお、1年単位の変形労働時間制についても、必ずしも対象期間を1年間に設定しなければならないわけではなく、1カ月を超える場合に限り、企業によって自由に期間を設定することができます。

3-2. 1カ月単位の場合との違い

1年単位の変形労働時間制を導入する場合、次のような点に注意が必要です。

• 労使協定が必要（就業規則の規定だけでは不十分）
• 1日の所定労働時間の上限は10時間
• 週の所定労働時間の上限は52時間
• 年間の労働日数の上限は280日（対象期間が3カ月を超える場合）
• 週48時間を超えられるのは連続3回まで（対象期間が3カ月を超える場合）
• 特例措置対象事業場だとしても週を平均した労働時間は40時間以内 など

このように、1カ月単位と1年単位の変形労働時間制の残業時間の計算は似ていますが、運用するための要件が異なるので正しく仕組みを理解しておきましょう。

関連記事：1年単位の変形労働時間制とは？特徴やメリット、残業の計算方法を徹底解説

4. 1週間単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法

従業員数30人未満の小売業や飲食店、料理店、旅館であれば、1カ月単位や1年単位だけでなく、1週間単位の変形労働時間制を採用することも可能です（労働基準法第32条の5）。ここでは、1週間単位の変形労働時間制における残業時間の計算方法について詳しく紹介します。

4-1. 1日の残業時間

1週間単位の変形労働時間制を導入する場合、まず1日でみて、次のいずれかを超えた時間が残業時間（法定外残業時間）となります。

• 所定労働時間が8時間超えと通知された日の場合、その所定労働時間を超える時間
• 所定労働時間が8時間以内と通知された日の場合、法定労働時間である1日8時間を超える時間

1週間単位の変形労働時間制を採用する場合、あらかじめ1週間の各日の労働時間を従業員に通知しておかなければなりません。また、1日の所定労働時間は10時間以内に設定する必要があります。

4-2. 1週間の残業時間

次に1週間でみて、法定労働時間である40時間を超えた時間が残業時間（法定外残業時間）になります。なお、1日でみて残業と判断された時間を除いて計算します。また、1週間の所定労働時間は40時間以内に設定しなければならないので注意が必要です。

5. 変形労働時間制における残業時間の上限

変形労働時間制の場合でも残業は可能ですが、残業時間には上限があります。また、変形労働時間制の対象期間によって残業の上限は異なるため注意が必要です。ここでは、変形労働時間制における残業時間の上限について詳しく紹介します。

5-1. 1カ月単位の変形労働時間制における残業の上限

1カ月単位の変形労働時間制の場合、通常と同様で「月45時間・年360時間」が残業時間の上限になります。また、臨時的かつ特別な事情がある場合、特別条項付きの36協定を締結することで、次のような範囲で残業させることが可能です。

• 法定外残業：年720時間以内
• 法定外残業と休日労働 ：月100時間未満、2～6カ月平均80時間以内
• 法定外残業が月45時間を超えられる回数：年6回まで

このように、1カ月単位の変形労働時間制を導入する場合、通常の勤務制度と同様の残業時間の規制が適用されることを押さえておきましょう。

関連記事：36協定の特別条項とは？新様式の記載例や上限を超えた場合の罰則を解説

5-2. 1年単位の変形労働時間制における残業の上限

対象期間が3カ月以上の1年単位変形労働制の場合、「月42時間・年320時間」が残業時間の上限になります。また、特別条項付きの36協定を締結した場合、法定外残業が月42時間を超えられる回数は6回までとなります。他の条件は通常と同様です。一方、対象期間が3カ月未満の1年単位変形労働制の場合、通常と同じ残業時間の上限規制が適用されます。

6. 変形労働時間制の導入手順

変形労働時間制には残業時間や残業代を削減できるというメリットがあります。ここでは、どのようにして変形労働時間制の導入するのか、その手順について詳しく紹介します。

6-1. 労働者の勤怠状況をチェックする

まずは労働者の勤怠状況をチェックしてみましょう。繁忙期と閑散期で残業時間に偏りがある場合、変形労働時間制を導入してみるのがおすすめです。一方、月や年間を通して労働時間に変化がない場合、変形労働時間制を導入しても、管理負担が増えるだけであまり効果が得られない可能性もあります。このように、変形労働時間制を導入する前に、現状の従業員の勤務状況を確認してみましょう。

6-2. 変形労働時間制を導入する際に必要な事項を決める

変形労働時間制を導入すると決めたら、具体的な制度の設計に移ります。変形労働時間制といっても、1カ月単位、1年単位などのように種類があります。どのような制度が自社にあうかどうか時間をかけて確認することが成功のコツです。また、就業規則や労使協定で定めなければならない事項から逆算して、必要な事項を決めると、変形労働時間制の導入をスムーズに進めることができます。

6-3. 労使協定を結ぶ

変形労働時間制を導入するには、原則として労使協定の締結が必要です。ただし、1カ月単位の変形労働時間制を導入する場合、就業規則の整備により対応することもできます。なお、変形労働時間制を採用するにあたり、次のような事項を定める必要があります。

• 変形労働時間制の対象とする労働者の範囲
• 対象期間と起算日
• 労働日とその労働時間
• 労使協定の有効期間
• 特定期間（1年単位の変形労働時間制を導入する場合） など

労使協定は、労働者の過半数で組織する労働組合と書面により結びます。なお、該当する労働組合がない場合、労働者の過半数代表者を選定したうえで締結することになります。労使協定の締結後は、所轄の労働基準監督署に届出が必要です。

6-4. 就業規則に明記する

労使協定が結ばれた後は、変形労働時間制の内容を就業規則に記載しましょう。従業員数10人以上の企業は、就業規則の作成・届出義務があります。また、就業規則の周知義務もあるため、就業規則を見直したら、適切な方法で従業員に周知するようにしましょう。

6-5. 勤怠管理システムやエクセルで残業時間を管理する

変形労働時間制を運用する場合、始業時刻・終業時刻、残業時間、休日などを適切に管理する仕組みを構築する必要があります。通常の勤怠制度と比べて、変形労働時間制は運用が難しいため、手書きの勤怠管理シートで管理するのは困難です。そのため、専用のエクセルシートを作成したり、変形労働時間制に対応した勤怠管理システムを導入したりすることが推奨されます。勤怠管理システムであれば、労働時間の集計から給与の計算までを自動化できるので、人的ミスを防ぎ、業務を効率化することが可能です。

7. 変形労働時間制の残業に関する注意点

ここでは、変形労働時間制の残業に関する注意点について詳しく紹介します。

7-1. 残業が発生する場合は36協定の締結が必要

変形労働時間制を採用しても、法定外残業や休日労働が発生するのであれば、36協定の締結が必要です。ただし、法定内残業のみの場合、36協定の締結は不要です。36協定（一般条項）の残業時間の上限を超えることが想定される場合、特別条項付きの36協定の締結が必要になります。また、36協定を結ぶだけでなく、届け出ることで、その効力が適用されるため注意しましょう。36協定の届出をするための様式は次の通りです。

引用：時間外労働・休日労働に関する協定届（一般条項）様式第9号｜厚生労働省

1年単位の変形労働時間制を導入する場合、時間外労働（残業）の記載欄が変わってくるため注意が必要です。

関連記事：36協定届の提出期限とは？有効期間や提出忘れ時の罰則についても解説！

7-2. 休日労働や深夜労働に対しても割増賃金の支給が必要

変形労働時間制を採用した場合、法定内残業や法定外残業の種類に応じて割増賃金の有無が変わってきます。また、法定休日に労働させる場合や、深夜帯（午後22時～午前5時）に労働させる場合、残業に関係なく、割増賃金の支給が必要です。このように、変形労働時間制を導入した場合も、時間外労働だけでなく、休日労働や深夜労働に対しても割増賃金を支払わなければならないので気を付けましょう。

7-3. 1年単位の変形労働時間制は労働者の変化に注意

1年単位の変形労働時間制を採用する場合、退職や中途採用などによる労働者の出入りに注意が必要です。変形労働時間制の対象期間に退職、または入社した場合、タイミングによっては所定労働時間が長い期間のみ働くことになります。その場合、該当する労働者の労働時間を平均すると、法定労働時間を超えることがあります。

変形労働時間制で残業代が発生しないのは、平均化すると労働時間が法定労働時間内におさまるからです。その前提から外れてしまうため、変形労働時間制の期間中に退職や入社した労働者に対しては、労働した期間の労働時間を平均し、週40時間を超えた場合はその分の残業代を支払う必要があります。「繁忙期だけ残業代なしで法定労働時間以上に労働をさせる」という雇用方法は認められていません。

7-4. 勤怠管理を徹底しないと罰則につながる可能性がある

変形労働時間制の難しい部分として挙げられるのが、勤怠管理の徹底です。人事担当者が正しい知識を持っていても、現場の勤怠管理ができていなければ、労働者一人ひとりの残業代の計算を正確におこなうのは難しくなります。労働基準法により、残業時間の上限を超えて働かせたり、適切に給与を支給しなかったりすると、6カ月以下の懲役または30万円以下の罰金といった罰則が課せられる恐れがあります。まずは変形労働時間制の仕組みをきちんと理解することから始めましょう。

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8. 変形時間労働制の残業に関するよくある質問

ここでは、変形時間労働制の残業に関するよくある質問への回答を紹介します。

8-1. 変形労働時間制の残業代は相殺できる？

変形労働時間制を設定することで対象期間内の労働時間を一定の範囲内で自由に変形させることは可能です。しかし、変形労働時間制で発生した法定外の残業代を他の日の労働時間を短縮するなどして相殺することは原則としてできません。なぜなら、法定外残業代は、時間外労働分の割増賃金を含んだ金額であるため、他の労働時間と支払う金額が異なるからです。ただし、法定内時間外労働の残業代であれば、早上がりした日の給与と相殺することができる可能性もあります。

8-2. 変形労働時間制を採用した場合に労働時間の繰り越しは可能？

変形労働時間制は、繁忙期と閑散期が明確に分かれているような企業にとって有用な制度の一つです。閑散期に設定した所定労働時間が想定よりも長く、それよりも実労働時間が短かった場合、余った時間を繁忙期などに繰り越すことはできるのでしょうか。結論として、変形労働時間制における労働時間の繰り越しはできません。一定の範囲で労働時間の繰り越しができるフレックスタイム制と変形労働時間制は異なる制度なので、混同しないよう正しく仕組みを理解しておきましょう。

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9. 変形労働時間制の残業管理は複雑になりやすい

変形労働時間制は残業代の削減ができる一方で、勤怠や時間外手当の管理が複雑になりやすいです。管理職や人事担当者の負担が増え、残業時間が増えてしまうケースもあります。このような課題を抱えている場合、勤怠管理システムを導入するのがおすすめです。残業代の計算もスムーズにできるため、業務の負担を大幅に減らすことができます。