年末調整とは？確定申告との違いや対象者、やり方や注意点などを徹底解説！

毎年11月中旬から12月上旬頃は、人事担当者にとって繁忙期となる「年末調整」の季節です。人事担当者はこの季節になると、従業員の作成した書類のチェックや修正依頼に追われることでしょう。

また、年末調整は納付した税金の一部が還付金として返還されることもあり、多くの従業員にとっても関心が高く、手続きの方法や必要書類などについて問い合わせを受けるケースも少なくありません。

年末調整は、確定申告との違い、保険料控除・扶養者控除といった仕組みや計算方法、必要となる書類などが複雑で、よくわからないことも多いのではないでしょうか。また、少しずつ制度に変更が加えられているため、最新の情報に従った処理が必要です。

本記事では、年末調整業務の基礎的な情報から、企業がしなければならない手順、注意点、年末調整に役立つ最新サービスといった、人事担当者として覚えておきたい内容を紹介します。

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1. 年末調整とは

そもそも年末調整とは、従業員の給与から1年間（1月から12月）の間に自動で天引かれた所得税を精算するための手続きです。

所得税は、1年間の所得額に対して税額が決まりますが、年末にまとめて税金として引くのではなく、毎月の給与から源泉徴収としてあらかじめ天引きするように設計されていると思います。

しかし、この源泉徴収額はあくまでも概算であり、給与額や扶養家族の人数の変動といった各人の事情に応じた控除は考慮されていません。

そのため、従業員一人ひとりの源泉徴収額と再計算した正しい所得税額を比較し、年間当たりの税金の過不足を精算（不足分の徴収、多かった分を返金）する年末調整が必要となります。

1-1. 年末調整で過不足が生じる理由

源泉徴収をおこなった税額の一年間の合計額と、一年間の給与の総額に対して納めなければならない税額は一致しないことがほとんどです。

毎月（毎日）の所得税の源泉徴収は、源泉徴収税額表をもとに実施されます。ただし、源泉徴収税額表は、年間を通して給与の金額に変動がないことを前提に作成されているため、給与に変動があると不一致が生じます。

また、年の途中で、控除対象扶養親族の人数が変わった場合、源泉徴収税額の修正は、変更後から実施され、遡っては修正されないことも不一致の原因です。

さらに、扶養控除や保険料控除など、従業員それぞれの事情によって、年末調整のときに受けられる控除や控除額は異なり、税額の過不足が生じる原因になります。

このように、さまざまな要因で、納税額の過不足が生じるため、それを精算するために年末調整は実施されます。多くの従業員は、年末調整で納税額の精算ができれば、確定申告は不要になるため、納税の手続きの負担が軽減されます。

1-2. 年末調整と確定申告の違いとは

このように年末調整は、企業が従業員の代わりに1年間の所得を計算して税務署に税額を申告して税金を納めることです。

しかし、個人事業主の方や副業をしている方などは、1年間の所得の合計を翌年3月15日までに自ら計算し、納付するべき税を確定・申告する手続きをしなければなりません。

これを「確定申告」と言い、年末調整は「納税者自身の確定申告を代行している」とみなすことができます。

企業で働く多くの方は、基本的に企業側がおこなう年末調整だけで所得税額が確定しますが、従業員によっては確定申告が必要な場合もあるので注意が必要です。

1-3. 年末調整の対象者とは？パート・アルバイトの扱い方

それでは、年末調整の対象になる人、年末調整の対象にならない人（＝確定申告が必要な人）は、どのような従業員でしょうか。

1-3-1. 年末調整の対象となる従業員

年末調整の対象となる従業員は、次の通りです。

また、所得税額を計算するタイミングは異なりますが、年度の途中で退職した人の中で、

• その年度に死亡したことで退職となった人
• 心身障害が原因で退職し、かつその年での復帰が望めない人
• 12月に支給されるべき給与を受け取って退職した人
• パートなどの退職者で当該年中に支払いを受ける給与総額が103万円以下で、その年に他社から給与をもらう見込みがない人

といったケースでも年末調整の対象になるので、確認しておきましょう。

1-3-2. 年末調整の対象にならない従業員

年末調整の対象とならない従業員は、次の通りです。

前述の通り、年末調整の対象とならない人は、原則として個人で確定申告をしなければなりません。 そのため、会社側からしっかりと通知してあげることも大事になります。

2. 年末調整のやり方

本章では、年末調整の流れを説明しながら、具体的に必要な書類は何か、所得税の計算方法、提出する書類の作り方や書き方について記載します。

毎年、少しずつ制度に変更が加えられていることもあるため、最新の情報をチェックするようにしてください。

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2-1.年末調整の流れ

年末調整の具体的な対応は、各従業員の「給与総額」と「源泉徴収総額」を計算することから始まります。

まだ給与の支払いが終わっていないものに関しても、支払が確定している給与は年末調整の対象となります。

また、年度の途中で入社した従業員は、その年に前職で支払われている給与も年末調整の対象となるので、前職の源泉徴収票を従業員から回収する必要があります。

関連記事：源泉徴収票の作成方法｜年末調整や給与所得の計算方法を図解で説明

2-2. 所得税額を計算する

各従業員の「給与総額」と「源泉徴収総額」が分かり次第、指定されている計算方法に沿って所得税額を計算します。 計算の流れは、以下の通りです（※詳しくは、国税庁の公式サイトも参考にしてください。）

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①「給与所得控除後の金額」を計算する

給与所得控除後の金額とは、給与総額から給与所得控除額を差し引いた金額になります。

給与所得控除とは、従業員の所得税などを計算する場合に、一定額を法律で定められた必要経費として給与から差し引くことができる控除分のことです。

②「課税給与所得金額」を計算し、「算出所得税額」「年調所得額」を算出する

課税給与所得金額とは、給与所得控除後の金額から各種所得控除の合計額を差し引いた金額になります。

課税給与所得金額を計算した後、算出所得税額を計算します。算出所得税額は、国税庁の公式サイトを元に計算して算出してください。 また、算出所得税額から住宅ローンの控除額を差し引いたものが「年長所得税額」となります。

③「年調年税額」の計算をする

年調年税額とは、年調所得税額に102.1%を掛け合わせた金額になります。

この「年調年税額」と源泉徴収額を比較して、差額を従業員に精算します。

関連記事：年末調整の計算方法について具体例を挙げながら解説

2-3. 年末調整に必要な書類

上記のように所得税額を正しく計算するためには、従業員から必要書類を回収する必要があります。

提出された資料を確認、納めるべき税額を再計算した後、過不足がある場合は、その結果も掲載します。 必要となる書類は、次の通りです。

企業を通して入っている団体保険などがある場合は、企業側で記入しておくのが良いでしょう。

関連記事：年末調整の必要書類は？書き方・提出先も一からわかりやすく解説！

2-4. 税務署への提出書類の作成

年末調整の計算が終わると、税務署が用意した書類のフォーマットに従って必要事項を記入し、税務署に提出します。 企業から税務署に提出する必要のある書類は、次の通りです。

また、企業から市町村に提出が必要な書類として『給与支払い報告書』があります。

給与支払い報告書とは、1月1日から12月31日までに従業員に支払った給与支払金額や事業所の連絡先などが記載された報告書です。

給与を支払った年の翌年1月1日時点で、従業員が住んでいる市区町村に、1月31日までに提出する必要があります。

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3. 年末調整のスケジュールとは？いつまでに終わらせる？

年末調整の必要書類の提出が遅れると、年末調整の手続きができず、確定申告をおこなってもらうなど、従業員に負担をかけることになります。余裕を持ったスケジュールを組むことで、年末調整の手続きをスムーズにおこなうことが可能です。

ここでは、年末調整の一般的な流れや具体的なスケジュールについて紹介します。

3-1. 年末調整の一般的な流れ

年末調整では、一般的に年の最後に支給する給与で精算をおこなうため、その時期に間に合うように、実施する必要があります。

まずは、年末調整の対象となる従業員に対して、年末調整に必要な書類を配布し、期限を設けて記載してもらい回収をおこないます。人事労務担当者は、従業員の提出書類をもとに、年末調整の計算を実施し、源泉徴収票にまとめます。

そして、年末調整の計算が終わったら、源泉徴収票や支払調書など、税務署や市区町村に提出する書類を作成して、源泉徴収税の納付をおこないます。

3-2. 10月下旬～11月中旬

まずは年末調整の対象者を正しく把握しましょう。転職者がいる場合、前職の源泉徴収票がなければ年末調整の手続きができません。源泉徴収票は退職してから1カ月以内に発行されることになっていますが、紛失などにより再発行が必要な場合、時間や手間がかかるため早めに呼びかけや回収をおこなうことが大切です。また、年末調整の対象者には、この時期に記載してもらいたい必要書類を配布しましょう。

3-3. 11月下旬～12月

11月下旬になったら、年末調整に必要な書類を従業員に作成・提出してもらいましょう。申告書類の提出だけでなく、証明書類の添付が必要な場合もあるので、ミスが起きないようきちんと周知をおこなうことが大切です。

また、12月中には従業員それぞれの年間の給与・賞与を確定させ、年末調整の計算をおこない、給与所得に対応する源泉徴収簿を作成します。翌年1月に提出する年末調整関連書類のデータ作成など、早めに準備をおこなっておくと、スムーズに年末調整の手続きができます。

3-4. 翌年1月

年末調整で確定した源泉所得税を1月10日までに管轄の税務署に納付する必要があります。また、給与⽀払報告書や支払調書などの年末調整関連書類を1月中に市区町村や税務署に提出します。なお、提出した年末調整関連書類の控えはきちんと保管しておくことが大切です。場合によっては、再提出が求められることもあります。

4. 年末調整で受けられる控除とは

ここでは、年末調整で受けることのできる控除と、確定申告でなければ受けられない控除について詳しく紹介します。

4-1. 年末調整で受けられる控除の種類

給与所得には、所得税が課税されます。しかし、給与所得に直接的に税率を掛けるのではなく、給与所得からさまざまな控除を引いた後の金額が課税標準になります。年末調整をおこなうときに受けられる控除は、下記の通りです。

• 基礎控除
• 配偶者控除
• 配偶者特別控除
• 扶養控除
• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 小規模企業共済等掛金控除
• 社会保険料控除
• 障害者控除
• ひとり親控除
• 寡婦控除
• 勤労学生控除
• 住宅ローン控除（2年目以降）

なお、住宅ローン控除は、所得控除ではなく、税額控除に該当するため、課税所得金額に税率を乗じて計算した所得税額から控除額を差し引きます。

4-2. 確定申告で受けられる控除の種類

年末調整では対応できない控除もあります。年末調整後に納め過ぎた所得税がある場合には、確定申告をおこなうことで還付を受けられます。確定申告で受けられる控除は、下記の通りです。

• 寄附金控除
• 医療費控除
• 雑損控除
• 住宅ローン控除（1年目のみ）

なお、ふるさと納税は、寄付金控除に該当しますが、ワンストップ特例制度を利用すれば、確定申告をおこなわなくても控除を受けられます。

5. 年末調整における注意点

ここまでで、年末調整の基礎的な知識については理解いただけたと思いますので、次は、年末調整をおこなう上で、注意すべき点を紹介します。

5-1.年末調整を怠った場合は企業にペナルティが課される

年末調整をおこなわなかった場合の企業へのペナルティは下記の通りです。

• 年末調整をおこなわず、従業員から適切な金額を徴収しなかった場合：1年以下の懲役もしくは50万円以下の罰金
• 年末調整をおこなったが、その徴収額を納付しなかった場合：10年以下の懲役もしくは200万円以下の罰金

刑罰としては上記のとおりですが、法令順守の精神が重視される昨今、懲役や罰金をうけたとなると会社ブランドの低下につながってしまうため、注意が必要です。

関連記事：年末調整しないと罰則を受ける？遅れた場合の対応方法も紹介

5-2.年末調整に関する書類は保存する義務がある

年末調整に使った書類は申請が完了したらすぐに廃棄してもよいのでしょうか？ 廃棄してはいけない書類があるので注意が必要です。

保存すべき期間

年末調整に使った書類は7年間保存しておき、税務署から請求されたら提出できるようにしておかなければなりません。 具体的には、年末調整の年の翌年の1月10日の翌日から、7年間保しなければなりません。

保存すべき書類

保存対象となる書類は下記の通りです。

年末調整は、対応を怠ると懲役や罰金、コンプライアンスが甘い会社とのレッテルを貼られて企業活動も困難になりかねません。

5-3. 年末調整をおこなわないとどうなる？

年末調整をしないと、さまざまなデメリットがあります。年末調整をしないと、受けられるはずの控除の申請ができず、納税額が大きくなるという恐れがあります。その場合には、年末調整を実施する場合よりも、納税する税金が増加します。

また、年末調整は、所得税の過不足額を精算する手続きであるため、年末調整をしないと税金を払い過ぎていたとしても還付を受けられません。年末調整の手続きが遅れてしまった場合には、正しく納税するためにも、従業員それぞれに確定申告をおこなってもらう必要があります。

このように、何かと面倒な年末調整ですが、最近では、年末調整を簡単にできるシステムも登場しています。ここからは、年末調整に役立つシステムをご紹介します。

6. 【厳選5社】年末調整を簡単におこなう方法と活用すべきシステムの紹介

平成30年度の税制改革において、年末調整の電子化が可能となりました。

年末調整は年に1回しかないため従業員も覚えていないことが多く、計算間違いのチェックに大きな手間がかかっていました。また、年末調整の時期には、従業員に必要な書類を配布したり、給与計算ソフトに手作業で入力したりするなど、人事労務担当者の業務負担が大きくなる恐れがあります。さらに、紙でのやり取りをおこなっている場合、間違いやミスがあると、再調整をおこなわなければならないこともあります。

しかし、電子化が可能になったことで、それらの計算や年末調整書類の提出をシステムでおこなうことができるようになり、従業員にとっても人事担当者にとっても手間が大幅に削減され、ミスも減らすことができるようになりました。

また、システムを活用することは、義務付けられている7年間の保存を紙でおこなわなくても良い、といったメリットもあります。 ここでは、年末調整に役立つシステムの代表例5選を紹介します。

6-1. ジンジャー給与

【サービスの特徴】

• 年末調整の計算を簡単に！ステップに沿って進めるだけなので、誰でも簡単に使用できる！

従業員情報と1年間に支払った給与データを基に、年末調整の計算を自動でおこないます。年末調整結果の給与計算への反映も簡単におこなえます。

• ジンジャーシリーズでの連携により、人事データを一気通貫で管理可能

給与の自動計算はもちろん、従業員の人事情報や勤怠情報と自動で連携でき、給与に関わる情報の確認作業を正確な情報連携、給与計算によって大幅に削減します。

• 結果照会から結果反映までをスムーズに。人事担当者の工数を大幅に削減

従業員ごとに、各控除額や算出所得税額を確認できるとともに、年末調整の年税額の算出までの計算の過程がわかるため、どの控除が適用されているかひと目で確認できます。また、源泉徴収票はWEBで発行することで、紙での発行の手間が省けます。 【料金】 月額500円～

6-2. 年末調整ステーション

【サービスの特徴】

• 従業員も楽々作業。2ステップで申請完了

パソコンだけでもスマートフォンでも申請が可能です。ログインして画面に従って年末調整の情報を入力して、添付書類を印刷するだけと非常に簡単です。

• 人事担当者の業務を自動化して手間を削減

従業員が入力した年末調整の情報が自動で計算されます。申告書を集める必要もありませんし、各種給与システムへの連携しているため計算ミスをチェックする必要もありません。また、収集確認状況も一目でわかるため、管理が楽になります。

• たった5分でお試し導入が可能

即時機能を利用することができます。パソコン（Win、Mac）、スマートフォン（Android、iOS）全対応のため、幅広いユーザーに使ってもらうことができます。 【料金】

• 正規版

25人以下の場合：10,000円/年 25人以上の場合：1人あたり400円/年

• お試し版（30日間、2017年の仕様）

300名まで0円（一部機能制限あり）

6-3.奉行 年末調整申告書クラウド

【サービスの特徴】

• 簡単導入ですぐに使いこなせる

わかりやすい画面（インターフェース）と利用ガイドが充実しており、誰でも迷わずに使うことができます。教育不要のため、管理者の手間を削減することができます。

• 従業員、人事担当者の年末調整にかかる時間を削減

年末調整にかかわる書類の配布、回収作業が不要になります。またスマホやパソコンから申請可能なため、従業員の作業性も改善します。

• ミスを抑制し、正確性を実現します

自動計算や前年情報を複写することができるので、入力漏れや計算ミスを防ぐことができます。申告時点でのミスを減らすことができ、人事担当者のチェック手間を削減することができます。 【料金】

• 12,000円~/年

6-4.Smart HR

【サービスの特徴】

• スマホやパソコンで簡単入力

従業員はsmartHRの質問に答えていくだけなので、作業が簡単で些細なミスを防ぐことができます。

• 集まったデータは一括出力

従業員が入力したデータは一括処理が可能で、CSVとして一括出力することができます。人事担当者は使っている給与計算ソフトに取り込むだけで作業が完了です。紙ベースで保存する必要がなく、管理も容易です。

• 源泉徴収票もWebで完結

給与明細と一緒にsmartHRで配布まで完了します。人事担当者の手間を大幅に削減することができます。また従業員が源泉徴収票を求めた時も即時手間をかけずに対応可能です。 【料金】

• 年間一括払い：1人あたり550円/月
• 月払い：1人あたり600円/月

6-5. freee人事労務

【サービスの特徴】

• ペーパーレスで情報収集が楽々

ステップに沿って入力で迷うこともありません。訂正もWeb上で簡単にできます。ステータスをWebで一括管理可能で従業員へのリマインドメールも送信可能です。

• 自動計算なのでミスの心配なし

入力内容がそのまま反映されるので計算は自動でおこなわれます。紙を見ながらソフトに数値入力する必要もありません。

• 自動で書類を作成することができます

自動で作成された書類を提出するだけのため手間がかかりません。また、給与明細にも金額を反映することができます。

【料金】

• ライトプラン：1人あたり300円/月
• ビジネスプラン：都度ご相談ください

7. 年末調整は迅速かつ正確に処理することが重要

年末調整は、人事担当者にとって1年の中で最も重要な業務の1つです。

年末調整の申告や支払いを忘れると懲役や罰金刑になるだけでなく、社会的信頼を低下させてしまうおそれがあるため、非常に重要です。

年に1度しかおこなわないため、従業員は申告の仕方を忘れたり、入力ミスしたり、その対応に時間をとられてしまいます。

システムを使うと、従業員の入力ミスや申告に関する問い合わせが減るなど人事担当者の負担を削減するメリットがたくさんあります。

年末調整システムを使って、人事担当者の手間を削減し、企業としての生産性を高めてみてはいかがでしょうか？