年末調整の電子化のやり方は？メリット・デメリットもわかりやすく解説

2018年の税制改正により、2020年10月より年末調整に関する書類の電子化が可能になりました。

当初は電子化をおこなうか否かは企業の判断に委ねられていましたが、2021年1月提出分の年末調整より、一部企業において年末調整の電子化が義務づけられています。

今回は、年末調整の電子化についての概要と、電子化した場合の手続きの流れ、電子化することのメリット・デメリットをご紹介します。

関連記事：年末調整とは｜確定申告との違い、対応方法、注意点など基礎からわかりやすく解説！

関連記事：年末調整のキホン｜今さら他人に聞けない担当者必見の内容をご紹介

1. 年末調整の電子化とは？電子化は義務？

年末調整の電子化とは、年末調整手続きを電子データ処理することです。

従来の年末調整手続きは、会社が準備した用紙に従業員が必要事項を記載して提出するなど、書面でおこなわれるケースがほとんどでした。

しかし、2020年10月からは、以下2つの作業をおこなうことにより、年末調整手続きを電子データで処理することが可能となります。

1. 従業員が控除証明書等を電子データで取得し、それを利用して年末調整申告書データを作成すること
2. 勤務先が従業員から1で取得および作成したデータの提供を受け、年税額等の計算をおこなうこと

1-1. 一部企業の年末調整電子化の義務化はいつから？

年末調整手続きを電子データとして処理するか否かは、基本的に企業の判断に一任されています。

しかし、前々年に提出した法定調書の枚数が100枚以上の場合は、e-Tax、光ディスク等、またはクラウド等を使用して提出することが義務づけられています。

ここでいう法定調書とは、所得税法や相続税法、租税特別措置法などの規定によって税務署への提出が義務づけられている書類のことで、その中には年末調整に関わる給与所得の源泉徴収票等も含まれています。

たとえば2021年1月に提出した給与所得の源泉徴収票の枚数が100枚以上だった場合、その2年後である2023年1月に提出する給与所得の源泉徴収票は電子化しなければなりません。

条件に該当してから実際に電子化するまでは約2年の期間がありますが、年末調整手続きを電子データとして処理するためには準備や環境を整える必要がありますので、早めに対策を講じておきましょう。

参考：法定調書の提出枚数が100枚以上の場合のe-Tax、光ディスク等又はクラウド等による提出義務｜国税庁

2. 電子化が認められている添付書類・申告書類一覧

電子化が認められている添付書類・申告書類は以下の通りです。

1. 扶養控除等申告書
2. 配偶者控除等申告書
3. 保険料控除申告書
4. 住宅ローン控除申告書
5. 基礎控除申告書
6. 所得金額調整控除申告書
7. 保険料控除証明書
8. 住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除証明書
9. 年末残高等証明書

参考：年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するＦＡＱ｜国税庁

「保険料控除証明書」については、令和4年分（2022年）の年末調整の時点で取得できるのは国民年金保険料に係るものに限られます。

関連記事：年末調整の必要書類は？書き方・提出先も一からわかりやすく解説！

3. 電子化した年末調整の手順・やり方

年末調整を電子化すると、やり方や手順はどう変化するのでしょうか。

ここからは、年末調整を電子化した場合の手続きの基本的な流れを解説します。

① 従業員が控除証明書等を電子データで取得する

従来は保険会社などから書面で交付された控除証明書を添付して提出していましたが、年末調整を電子化する場合、これらの書類を電子データとして受け取る必要があります。

控除証明書のデータ化自体は、発行元（保険会社や証券会社、自治体等）が専用のソフトを使用して作成するため、従業員は電子データ提供の申請をおこなうだけでOKです。

控除証明書等の電子データの取得方法は保険会社等によって異なり、マイナポータル連携に対応している場合はマイナポータルで、それ以外の場合は保険会社等の公式HP（マイページなど）で取得することができます。

取得方法は保険会社等によって異なりますので、事前に確認が必要です。

② 取得した電子データを申告書に添付する

取得したデータは、「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」などに取り込み、年末調整申告書を作成します。

年調ソフトは国税庁のHPやMicrosoft Storeなどで無料でダウンロードすることが可能です。

スマートフォン版のアプリも配布されていますので、パソコンを所有していない従業員でも年末調整手続きを電子化することができます。

なお、必ず年調ソフトを使用しなければならないわけではなく、勤務先指定のソフトやシステムがあればそちらを用いても問題ありません。

年調ソフトでは、取得した電子データを添付するほかに、従業員の基本情報（氏名や住所等）、給与支払者（勤務先）の基本情報（名称や所在地等）などの情報を入力します。

マイナポータルと連携している保険会社等からデータを入手する場合は、控除申告書の作成手順の中で取得することが可能です。

すべての手続きが完了したら、作成した申告書のデータを電子メール等に添付して提出させます。

企業によって提出の方法（メール、クラウド）は異なりますので、年末調整手続きを電子化する予定がある場合は、早めに従業員に周知しておきましょう。

③ 年末調整のデータを国税庁に提出する

従業員から受け取った年末調整のデータをソフトウェア上などで確認し、適宜修正・変更等を加えます。

データに不備がなければ、オンライン上で国税庁へ年末町営のデータを提出します。

4. 年末調整の電子化によるメリット

ここからは年末調整を電子化することによって生じるメリットを解説します。

従業員側、会社側のメリットに分けてそれぞれ紹介します。

4-1. 従業員側のメリット

従業員側のメリットは、手書きによる年末調整の手続きを省略できるところです。

これまで、年末調整の控除申告書はすべて手書きで作成しなければならず、手間と時間がかかっていました。

また、控除額も自分で計算しなければならないため、もし計算ミスなどがあると書類不備で差し戻しになるおそれがあります。

年調ソフトを使って控除申告書を作成すれば、必要なデータを入力するだけで控除額が自動で計算されるので、ミスによる書類不備のリスクを軽減できます。

また、控除証明書等を発行する保険会社等がマイナポータルと連携している場合、年調ソフトから直接控除証明書のデータを取得することも可能です。

書面の控除証明書は年末調整の時期に合わせ、大体10～11月頃に交付されますが、実際に手続きを開始するまでに紛失するリスクがあります。

電子データなら、必要な時にデータを取得して添付できるので、紛失リスクや再発行の手間もなくなります。

4-2. 会社側のメリット

会社側のメリットは、担当者の業務が大幅に効率化されることです。

書面の申告書を大量に提出された場合、担当者は原本と控除申告書の内容をひとつひとつ精査しなければならず、確認作業に多大な時間と労力を費やすことになります。

申告書が電子データで提出された場合、控除額の計算や集計が自動でおこなわれるので、確認作業に掛かる時間を大幅に短縮できます。

書面をファイリングする手間も省けますし、大量の書類を保管するスペースも節約できるので、一石二鳥です。

年末調整の電子化をお考えの方の中には、電子化したいけれど実際にどの範囲で電子化できるのかがわからないという方もいらっしゃるのではないでしょうか。そのような方に向けて、当サイトでは年末調整の電子化によってどのようなことが可能になるのかを解説した資料を無料でお配りしています。

年末調整を電子化して少しでも効率化したいとお考えの方は、こちらからダウンロードしてご活用ください。

5. 年末調整の電子化によるデメリット・注意点

年末調整には上記のようなメリットがある反面、注意しなければならない点もあります。

年末調整の電子化を通して業務をよりスムーズにおこなえるよう、デメリットになりうる点や対策方法を確認していきましょう。

5-1. 電子化のルール・システムの統一化が必要

年末調整を電子化するためには、データの提出方法や作成方法などのルールを統一化させる必要があります。

従業員が各々自由な形式で手続きを行うと、個別に対応せざるを得なくなり、かえって業務効率が悪化してしまう恐れがあります。

5-2. サポート・フォロー体制は必須

パソコンやスマートフォンの操作に不慣れな従業員がいる場合、年末調整の電子化につまずいてしまう可能性があります。

その際、適切なサポートを行わないと、年末調整の手続きに遅れが生じてしまう原因となります。

年末調整の電子化を始める際は、サポートやフォローを行う窓口などを設置し、わからないことや疑問点があった場合に利用するよう、従業員に周知しておくとよいでしょう。

6. 年末調整電子化のQ＆A

ここからは、年末調整の電子化に関してよくある質問について解説していきます。

年末調整の電子化におけるマイナンバーカード、印鑑・印刷の必要性や、「一部だけ電子化することも可能か」「電子化に向けて企業が準備すべきこと」などもあわせて紹介していきます。

関連記事：年末調整の変更点を年度別にわかりやすく解説

6-1. 年末調整の電子化にマイナンバーカードは不要？

年末調整の電子化において、マイナンバーカードの「マイナポータル」で連携や電子データの取り込みを利用すると、添付書類が不要となります。

ここからは一部書類におけるマイナンバーの必要性の有無について紹介します。

まず「扶養控除等申告書」におけるマイナンバーの有無は、国税庁のサイトにて以下のように説明されています。

扶養控除等申告書には、従業員本人、控除対象となる配偶者及び控除対象扶養親族等のマイナンバー（個人番号）の記載が必要です。

なお、平成29年1月1日以後に支払を受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書については、給与支払者が従業員等のマイナンバー（個人番号）等を記載した一定の帳簿を備えている場合には、その帳簿に記載されている方のマイナンバー（個人番号）の記載を要しないものとされました。

引用：源泉所得税関係に関するFAQ｜国税庁

他にも「給与所得者の保険料控除申告書」や「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」は、平成28年4月1日以後に提出する場合、マイナンバーの記載は不要とされています。

一方で「給与所得者の配偶者控除等申告書」「所得金額調整控除申告書」に関しては、従業員本人のマイナンバーの記載は不要であるものの、配偶者のマイナンバーの記載が必要となります。

6-2. 年末調整の電子化に印鑑・印刷は必要？

年末調整を電子化した場合、原則印鑑や印刷は必要がなくなります。そのため各種書類への押印や、印刷してまとめて管理するといった工数の削減が可能となります。

6-3. 年末調整の電子化は一部でもよい？

年末調整の電子化は、法定調書の電子化要件にあてはまらない限り一部だけ電子化し、一部だけ引き続き書面で対応することも可能です。

また一部の対象者だけ電子化することも可能とされています。

詳しくは、国税庁による以下の資料をご参照ください。

参考：年末調整手続の電子化について ～実施方法検討編～｜国税庁

6-4. 年末調整の電子化に向けて準備すべきことは？

年末調整の電子化に向けて、人事労務担当者が準備すべきことは以下の2つです。

• 給与計算システムへ反映させる
• 従業員へ徹底的に徹底する

給与を給与計算システム等で管理している場合は、年末調整の電子化にともない、従業員から受け取った申告書や控除署名書等のデータを反映させる必要があります。

正確な計算ができるよう、受け取った電子データをインポートできる環境を整えましょう。

電子化する場合は、従業員にも「企業に指定されたデータ作成用のソフトウェアの準備・アカウント作成」「控除証明書等のデータの取得」などの準備が必要となります。

そのため、データの取得方法、データ作成のためのツールの準備方法などを特に詳細に解説して、スムーズに移行に取り掛かれるようにしましょう。

7. 年末調整を電子化する際は基本的な流れやメリット・デメリットを押さえておこう

2020年1月提出分より、年末調整に係る手続きを電子化することが認められました。

特に前々年の給与等の源泉徴収票が100枚以上の企業は電子化が義務づけられていますので、必要な準備や周知を徹底する必要があります。

年末調整を電子化すると、業務効率の向上や書類不備のリスク低減などいろいろなメリットが得られますので、義務化の条件に該当しない場合でも、積極的な導入を検討してみてはいかがでしょうか。